国度生物信息中心颁布首个泛癌单细胞转座子数据库TE-SCALE
近日，国度生物信息中心开发的首幼我类泛癌单细胞转座子表白数据库TE-SCALE正式上线，并以“TE-SCALE: a comprehensive database for exploring transposable element expression across human cancers at single-cell resolution”为题在学术期刊Nucleic Acids Research在线颁发。
转座子（Transposable elements, TEs）是人类基因组中宽泛存在的可移动DNA序列。它们在正常组织中往往处于寡言状态，但在癌症中能够被异常激活，从而推进肿瘤的发生发展。近年来的多项钻研批注，TEs的特异性表白已经成为癌症的重要标志，并有望成为免疫医治的新型靶点。然而，由于其序列拥有高度反复性，TEs常被排除在以基由于中心的主流单细胞分析之表，这限度了钻研人员对肿瘤微环境中TE表白和调控机造的理解。
TE-SCALE是全球首个以单细胞分辨率索求TEs在人类癌症中表白模式的综合数据库。它涵盖了20种癌症类型、12种组织起源，共计330个样本，整合高质量细胞数超过130万个。TE-SCALE基于团队构建的scTEfinder流程，该流程兼容所有主流10x Genomics建库化学步骤（蕴含3’ v1/v2/v3及5’）产生的scRNA-seq数据，稳重地量化了1051个TE亚家族的表白水平。TE-SCALE提供了用户敦睦交互式框架，支持从泛癌尺度到组织、个别样本甚至单细胞水平的多层级数据索求；同时提供了以TE为中心的浏览界面，用户可在多种生物学布景下获取每个TE亚家族的具体注解及其表白谱。在数据分析和可视化方面，TE-SCALE提供了蕴含差距TE表白、TE-基因共表白网络和职能富集分析在内的三个主题？，支持矫捷的浏览、搜索、分析和数据下载。TE-SCALE还鉴定出了383个肿瘤特异性TE亚家族，蕴含已报路和全新发现的元件。其中大无数在特定癌症类型或疾病状态下阐发出高度特异性。这些TE在分辨肿瘤细胞与正常细胞方面的机能可与经典癌症标志基因相媲美，为开发诊断生物标志物和临床免疫医治靶点提供了重要候选。
总之，通过正确的TE定量、深刻的单细胞分析和交互式多维度可视化框架，TE-SCALE为钻研人员提供了一个用户敦睦的一体化平台，使用户可能从细胞机造与临床诊疗的双重角度，深刻探索TEs在癌症中的重要职能。
国度生物信息中心硕士钻研生孟熹霓、博士钻研生聂致为本文共同第一作者，高级工程师曾瀞瑶、李国超副钻研员和蒋岚钻研员为共同通讯作者。肖景发钻研员对本钻研提供了关键的领导。本钻研得到了国度天然科学基金、中科院战术性先导科技专项、中科院青年交叉团队等项目赞助。
TE-SCALE结构及职能？楦爬
论文链接
