国度生物信息中心合作研发基因编纂动物新发突变数据库VDGE
基因编纂动物在生物科学和医学钻研中阐扬着至关重要的作用，并且在农业领域展示出巨大的现实利用潜力。随着基因编纂技术的迅猛发展，基因编纂动物的数量在从前十年间急速增长？蒲Ы缭嚼丛焦刈⒒虮嘧胂低扯陨锘蜃榈挠跋旒盎虮嘧攵镏锌赡艹鱿值男路⑼槐湮侍。然而，目前依然不足对基因编纂动物数据的整顿、汇总以及尺度化分析，限度了钻研人员深刻挖掘和利用这些数据。
10月29日，国度生物信息中心赵文化团队、昆明动物钻研所王国栋钻研组、遗传与发育生物学钻研所张永清钻研组结合，以“VDGE: a data repository of variation database for gene-edited animals across multiple species为题在Nucleic Acids Research?期刊颁发论文，从尝试室的基因编纂猴和基因编纂犬启程，同时网络、整顿并分析了目前拥有家系全基因组数据的有关数据集，构建了基因编纂动物新发突变数据库VDGE，初次实现了对基因编纂动物新发突变的尺度化分析、整合和展示，为有关数据的深刻挖掘和充分利用提供了一个综合的信息平台。
VDGE蕴含6个关键？，别离是物种（Species），家系（Animal trios），样本（Samples），指标突变（On-target mutations），以及变异（Variations）和有关基因（Genes）。VDGE目前的数据主体起源于拥有家系全基因组测序数据的有关数据集，涵盖了恒河猴、食蟹猴和犬等物种的107个动物家系，174个全基因组测序样本，56个指标突变，115,710个变异及12,708个有关基因。除此之表，VDGE还整合了部门不足全基因组测序数据的基因编纂猪和犬，以及它们的有关指标突变信息。将来，VDGE将进一步整合更多的基因编纂物种及多种类型的变异数据，为领域内的钻研人员提供越发全面和多样化的数据资源平台。
国度生物信息中心赵文化正高级工程师、昆明动物钻研所王国栋钻研员、遗传与发育生物学钻研所张永清钻研员为该论文的共同通讯作者。遗传与发育生物学钻研所工作人员石文文、国度生物信息中心博士生金恩慧、遗传与发育生物学钻研所数据中心方璐为该论文的共同第一作者。该钻研得到科技创新2030项目、国度重点研发打算、中科院先导专项和春城打算等基金项目赞助。
VDGE数据库构建流程及内容展示
论文链接
