北京基因组钻研所（国度生物信息中心）合作颁布大豆多维组学数据库SoyOmics
大豆（Glycine max (L.) Merr.）作为世界领域内重要的粮油作物之一，其产量提升、品质改进关乎全球人丁的需要和利益 。高通量测序技术的发展促使大豆组学钻研不休深刻 。实现大豆多维组学数据的整合分析，将会为大豆遗传育种提供有力支持 。
近日，中科院遗传发育所田志喜团队结合中科院北京基因组所（国度生物信息中心）章张、宋述慧团队开发了大豆多维组学深度整合数据库SoyOmics 。钻研成就以“SoyOmics: A deeply integrated database on soybean multi-omics”为题在国际期刊Molecular Plant上颁发 。
SoyOmics数据库全面整合分析了大豆有关的多维组学数据 。数据库目前收录了27个大豆品系的重新组装基因组数据，并对相应基因组信息进行了全面的基因组注解 。以高质量的ZH13作为参考基因组，对2898份资料的全基因组测序数据进行了全基因组序列变异检测，共鉴定到约3800万条SNP/INDEL变异数据，同时为每个变异位点提供多档次注解信息 。除序列变异表，还提供了来得意豆泛基因组分析的约55万条结构变异数据以及基于结构变异构建的图泛基因组 。数据库还收录了来自ZH13和Williams82两个基因组27个组织时期的表白数据，以及其他26个品系9个组织时期的表白数据，并展示了分歧品系间同源基因的差距表白 。针对115个表型多年多点测定的约2.7万条表型纪录进行了本体注解和归类，并将表型数据与变异数据进行关联 。除以上组学数据表，数据库同时提供了部门种质资源的甲基化测序数据，以及Soy40K大豆芯片数据 。该数据库从基因组、变异组、转录组、表型组等分歧层面整合了大豆有关数据集，实现了分歧档次组学数据的交互查问和结合比力分析 。
为更好服务于用户，钻研团队开发了多个实用的“一站式”分析 ？，支持实现GWAS分析、表白模式分析、单倍型分析、基因组坐标转换、图泛基因组可视化等 。综上，该数据库具备多维组学数据间的深度关联性、用户的高度可交互性以及分析场景的高覆盖性，预期能为大豆遗传学及育种钻研提供基础数据支持和全新的观察视角 。
中科院遗传发育所田志喜钻研员，中科院北京基因组所（国度生物信息中心）章张钻研员、宋述慧钻研员为该论文共同通讯作者，中科院遗传发育所刘羽诚博士，中科院北京基因组所（国度生物信息中心）博士钻研生张阳、刘晓楠，中科院遗传发育所申妍婷副钻研员为该论文共同第一作者 。该钻研得到了中科院先导项目、科技创新2030-重大项目、国度天然科学基金、国度重点研发打算、博士后创新人才打算等项主张赞助 。
SoyOmics数据库结构框架
论文链接
