亚星游戏

　　近日
，由亚星游戏（国度生物信息中心）国度基因组科学数据中心开发的人类长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）数据库LncBook 2.0正式上线。该钻研内容以“LncBook 2.0: integrating human long non-coding RNAs with multi-omics annotations”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research 在线颁发。

　　LncRNA是哺乳动物基因组中的重要组成部门
，参加DNA甲基化、组蛋白建饰、转录调控、转录后调控等多个生物学过程
，与人类疾病的产生和发展亲昵有关。LncBook数据库致力于人类lncRNA数据整合
，并通过多组学数据分析对lncRNA进行系统注解。自2019年颁布以来
，LncBook数据库在描述人类lncRNA的转录图谱、挖掘lncRNA分子特点以及揭示lncRNA与疾病关系等方面被宽泛利用。

　　LncBook2.0收录了119722个新的转录本
，注解了9632个新的基因
，更新了21305个lncRNA基因的结构。丰硕的多组学数据是LncBook2.0的一大亮点
，蕴含守旧性、表白、DNA甲基化、变异、幼蛋白、相互作用六个方面。通过与40种脊椎动物比力
，LncBook2.0刻画了人类lncRNA基因的守旧性
，并在这些物种中鉴定出了139306个蛋白编码及非编码同源基因。表白数据方面
，相比1.0版本
，LncBook2.0收录的表白谱数据涉及的生物学场景从1种增长到了9种
，蕴含器官发育、细胞分化、亚细胞定位等。而在甲基化数据方面
，LncBook2.0涉及到的疾病类型从9种癌症增长到了14种癌症和2种神经系统发育疾病。此表
，LncBook2.0网络了959138条与疾病/性状有关的变异信息和34012个lncRNA编码的幼蛋白
，鉴定了772745条lncRNA-蛋白质相互作用并预测了146092274条lncRNA-miRNA相互作用。

　　LncBook2.0数据库具备敦睦的检索、浏览与可视化职能
，方便用户通过分歧基因／转录本ID、基因symbol进行检索和浏览。用户能够在多组学页面中通过排序、筛选职能过滤出切合前提的lncRNA基因
，随后在单个lncRNA基因的页面中查看它的转录本、编码潜能、守旧性等信息。LncBook2.0还与团队之前开发的LncRNAWiki和LncExpDB数据库进行了关联
，用户在浏览lncRNA基因信息时能够通过链接跳转到有关页面
，查看该基因的更多信息。

　　北京基因组所（国度生物信息中心）博士钻研生李昭、出格钻研助理刘琳、硕士钻研生冯昶瑞为本文共同第一作者
，马利娜副钻研员与章张钻研员为共同通讯作者。该钻研得到了中科院战术性先导科技专项、国度重点研发打算、中科院青促会等项目赞助。

　　论文链接

LncBook 2.0数据库内容与职能