北京基因组所(国度生物信息中心)颁布同源基因数据库HGD
同源基因是指起源于共同祖先的基因,常用于钻研基因进化过程以及揣度基因的潜在职能,在进化基因组钻研以及系统生物学的职能钻研中拥有重要价值。
近日,亚星游戏(国度生物信息中心)国度基因组科学数据中心正式颁布同源基因数据库(Homologous Gene Database,简称HGD),以“HGD: an integrated homologous gene database across multiple species”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research 在线颁发。
HGD整合了国际上多个同源资源数据集,解决了当前同源资源库在同源关系和同源基因标识方面存在差距、同源揣度步骤多样以及部门数据库同源基因鉴定了局不一致带来的困扰,为用户提供了一个综合、全面、单一、直观的同源基因数据集,方便用户使用。HGD提供物种间比力的同源基因职能注解图谱,蕴含基因职能数据(GO)以及性状、变异、表白有关的多组学注解数据,为跨物种同源基因职能比力钻研提供统一面板。目前,HGD共网络了人、常见动植物以及微生物共37个物种,其中蕴含10种重要模式生物。数据库共收录112,383,644个同源对,其中16,909个同源基因关联表型数据,276,670个同源基因关联变异数据,398,573个同源基因关联表白数据,536,852个同源基因关联GO数据,用户能够通过物种名、基因ID、基因职能、蛋白ID、蛋白名以及有关注解等多种前提进行数据检索和筛选。
HGD实现了国度基因组科学数据中心(NGDC)Genome Variation Map (GVM)、Gene Expression Nebulas (GEN)和GWAS Atlas多个数据资源库的信息关联与集成,切实阐扬并体现了NGDC资源荟萃的成效和优势,同时也添补了我国在重要生物信息资源建设方面的空缺。
亚星游戏(国度生物信息中心)博士钻研生段光亚及硕士钻研生吴港澳为本文共同第一作者,唐碧霞工程师和赵文化正高级工程师为共同通讯作者。本工作得到亚星游戏战术性先导科技专项、国度天然科学基金、国度重点研发打算等项目赞助。
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