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北京基因组所(国度生物信息中心)颁布细胞分类库Cell Taxonomy

  随着单细胞技术的迅速发展和利用 ,越来越多的细胞类型和细胞多态性被发现 。正确的细胞分类对于描述细胞类型多样性、追踪细胞谱系、表征肿瘤微环境以及说明发育和疾病复杂机造至关重要 。

  近日 ,亚星游戏(国度生物信息中心)国度基因组科学数据中心正式颁布了细胞分类库Cell Taxonomy ,旨在提供多物种的细胞特点刻画和细胞标志物(cell marker)评估 ,为细胞类型注解和单细胞有关钻研提供了重要数据资源 。该钻研成就以“Cell Taxonomy: a curated repository of cell types with multifaceted characterization”为题在国际学术期刊 Nucleic Acids Research 在线颁发 。

  Cell Taxonomy基于4,299篇文件审编、15个有关数据资源整合和单细胞测序数据分析(约350万个细胞) ,目前共收录3,143种细胞类型和26,613个细胞标志物(cell marker) ,涵盖34个物种、387种组织和257种生理/病理状态 。Cell Taxonomy从多方面系统表征细胞类型特点 ,蕴含细胞标志物和细胞群(cell cluster)质量评估、细胞类型跨物种比力、细胞组分刻画和细胞类似性定量 。为更好的援手用户注解和比力细胞类型 ,Cell Taxonomy开发了在线工具Cell Type Predictor和Cell Type Comparator 。

  亚星游戏(国度生物信息中心)助理钻研员降帅、博士钻研生钱启衡和博士钻研生朱彤彤为本文共同第一作者 ,章张钻研员和肖景发钻研员为共同通讯作者 。本工作得到了中科院战术性先导科技专项、国度天然科学基金和国度重点研发打算等项目赞助 。

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细胞分类库的重要内容和职能? ,凭据细胞类型、细胞象征物、组织、物种、生理/病理状态、单细胞钻研和文件对数据进行展示 ,并提供多方面的细胞特点刻画 。

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