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北京基因组钻研所(国度生物信息中心)基因组数据库获得进展

  北京基因组所(国度生物信息中心)针对我国基因组数据“存管用”的现实需要,几年来,共成立了55个数据库,涉及衰老、疾病、调控和生物多样性等多个前沿领域,初步形成了我国生物数据安全汇交治理和多组学数据平台的国度中心数据资源系统;蜃樾蛄泻妥⒔馐腔蜃橛泄刈暄械闹匾试,中国作为世界上生物多样性最丰硕的国度之一,在从前几十年中,已经对大量重要国度战术资源物种的基因组进行测序和组装。为解决科研人员汇交数据过程中遇到的难题,满足国内表用户迅速增长的基因组数据汇交、治理和共享需要,北京基因组所开发了基因组数据库Genome Warehouse(GWH)。

  GWH是一个存储各物种基因组组装数据的公共资源库,为基因组数据汇交、存储、颁布和共享提供一系列web服务。GWH接受拥有分歧组装水平的全基因组和部门基因组(叶绿体、线粒体和质粒等)序列,以及对已有基因组数据的更新。除了基因组序列和注解表,GWH 还网络了生物项目、生物样本和基因组组装有关元数据的具体信息。为网络高质量的基因组序列和注解信息,GWH建设了统一和尺度化的质量节造法式。除根基的浏览和搜索职能表,所有颁布的基因组序列和注解均能够通过 JBrowse 进行可视化。

  2021年6月24日,GWH有关钻研成就以“Genome Warehouse: A Public Repository Housing Genome-scale Data”为题在线颁发于学术期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics)。

  截至2021年7月1日,GWH 已收到19,769个汇交的基因组组装数据,涵盖1196个物种,并已颁布其中的9353个。GWH颁布的基因组数据已经在47个期刊的近百篇文章中颁发。此表,GWH还与美国国度生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)成立了数据共享互换机造,提升了数据的国际影响力。

  此项工作得到了亚星游戏战术性先导科技专项、国度重点研发打算、亚星游戏“十三五”信息化专项等项主张赞助。

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截至2021年7月1日GWH收录的基因组组装数据统计

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