亚星游戏

北京基因组所国度基因组科学数据中心开颁发观组关联分析数据库

  近日,由亚星游戏国度基因组科学数据中心(以下简称国度中心)开发的人类表观组关联分析数据库EWAS Data Hub正式上线。该项钻研成就以“EWAS Data Hub: a resource of DNA methylation array data and metadata”为题在国际学术期刊《核酸钻延追(Nucleic Acids Research)在线颁发。 

  近年来, 表观组关联分析(Epigenome-wide Association Study,EWAS)已成为索求复杂性状表观遗传基础的有效战术。随着大量EWAS科研成就的颁发,现已堆集了海量表观遗传数据,尤其是DNA甲基化芯片数据,其海量数据的整合分析对系统钻研分歧尝试前提下的DNA甲基化状态以及索求与各类性状有关的表观遗传机造拥有重要意思。目前,国际上存在一些数据库来存储DNA甲基化芯片数据,但这些数据库不足有效和统一的归一化步骤来解除分歧数据集之间的批次效应,可能对下游分析产生负面影响,元数据尺度不统一,并且都不提供跨分歧组织、性别、种族和疾病的尺度化的DNA甲基化图谱。为相识决这些问题,国度中心开发了EWAS Data Hub数据库。 

  目前,EWAS Data Hub整合了来自GEOTCGAArrayExpressENCODE数据库的共计75,344个样本的DNA甲基化芯片数据和对应的元数据,并选取了有效的归一化步骤来解除分歧数据集的批次效应。EWAS Data Hub利用海量高质量DNA甲基化数据和尺度化元数据的优势,为485,512个探针和36,397个基因提供了一系列重要的评估值(蕴含组织特异性、春秋有关性、性别差距和种族特异性)和分歧布景下的参考DNA甲基化图谱,涉及81种组织/细胞类型(蕴含25个脑部和25种血细胞类型),67种疾。ㄔ毯39种癌症),分歧春秋、性别、种族和BMI。同时,EWAS Data Hub 还提供了高效的查问方式。 

  该钻研得到了国度重点研发打算、中科院战术先导专项、中科院国际大科学打算和中科院十三五信息化专项等项目基金赞助。 

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