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　　比力基因组学是从进化角度分析分歧物种的基因组数据，解析基因职能和疾病、表型的遗传学机造。通过同源基因编码区序列的进化比力是其中最常见的分析步骤之一，如PAML等步骤，都在物种序列比力分析中被宽泛利用。但这些步骤仅分析多个物种的单一序列和吩扃位点信息。随着二代、三代测序技术的发展，多多物种的基因组测序都已实现，越来越多的物种都在种内水平有了多个样本的群体基因组数据。若是能将多物种群体水平的遗传多态和物种水平的进化相结合进行分析，将有助于解析物种（尤其是近缘种）产生过程中适应性进化和特有表型形成的机造。迄今为止，尚且不足此类步骤。 

　　中科院北京基因组所陈华钻研组与昆明动物所合作，初次开发了可能同时辰析多个物种的群体基因组数据的步骤HDMKPRF。该步骤以Hartl、Bustamante等的泊松随机场模型和McDonald-Kreitman检验为框架，通过多个物种的结合等位基因频谱理论构建群体遗传学模型，有效整合了微进化过程与宏观进化。与现有分析步骤比力，该步骤选取贝叶斯步骤，很大水平提高了对天然选择基因的检测功效；通过多个物种的群体基因组比力分析，可能有效把天然选择发生功夫定位在多物种进化树的具体某个阶段（分支）上。该步骤还提供了对各个物种的群体大幼、物种分化功夫以及天然选择强度等参数的后验概率散布。 

　　利用该步骤，钻研人员对现代人、黑猩猩、大猩猩和猩猩四个灵长类物种基因组数据做了分析，在各个物种中鉴定了受到天然选择而急剧进化的基因。发此刻人的特异性进化中，有84个与表白调控有关的基因受到正选择，宽泛散布在锌指蛋白基因家族、幼RNA调节通路、TP调控、组蛋白建饰基因等分歧类型中，印证了进化学家Allan Wilson和Mary-Claire King在1975年提出的概想，即基因调控是人与黑猩猩在99%基因组序列类似基础上表型高度差距的重要成分之一；发现与免疫、代谢等有关的通路受到了正选择。此表，有大量的现代人与其他大猿吩扃的基因富集在心灵割裂症、神经系统疾病有关的通路上，部门急剧进化基因集中在精子天生、生殖有关通路上。该分析提供了灵长类四类大猿基因进化在功夫轴和基因组上的天然选择图谱，为后续的进一步职能解析钻研提供了基础。 

　　该钻研于３月６日在线颁发在进化生物学期刊《分子生物学与进化》上。钻研得到了国度天然科学基金委重大钻研打算“微进化过程的多基因作用机造”、中科院院先导专项“动物复杂性状的进化解析与调控”等项目支持。 

 　　HDMKPRF步骤的模型和和参数示意图 

 　　利用电脑仿真对HDMKPRF在检测功效、对吩扃功夫、选择强度等参数揣度上进行机能检验 

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