亚星游戏

　　近日，基因组地点国际生物多样性与健全大数据（Global Biodiversity & Health Big Data，简称BHBD）同盟框架下，与沙特阿卜杜拉国王科技大学、巴基斯坦真纳大学以及美国梅奥医学院发展科研合作，结合开发了可跨物种使用的长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）鉴定软件LGC。该成就以“Characterization and identification of long non-coding RNAs based on feature relationship”为题在国际学术期刊Bioinformatics在线颁发。 

　　测序技术的飞速发展产生了大量转录组数据，而转录组分析中一个重要的钻研内容是鉴定新的转录本并且检测其蛋白编码能力。固然利用蛋白质谱检测、Ribo-seq等尝试步骤能够获得蛋白编码证据，但成本高、耗时长且通量低。因而，目前重要依赖软件预测的推算步骤鉴定lncRNA。已有有关软件大多必要高质量的训练集，对于不足高质量数据的非模式物种，鉴定其lncRNA难度极大，亟需发展支持跨物种使用的lncRNA正确鉴定步骤与工具。 

　　为解决以上难题，北京基因组所结合多家科研机构，钻研了蛋白编码RNA与lncRNA在多物种中普遍存在的序列特点差距，发现GC含量与ORF（盛开读码框）长度的关系在两者间存在显著差距，且这种差距在动植物中宽泛存在
；诖，研发了可能跨物种使用的lncRNA鉴定步骤和软件LGC。该步骤不必要物种特异训练集，与同类步骤相比，LGC可实现从植物到哺乳动物的lncRNA的正确鉴定，且拥有较为平衡的活络杜纂特异性，为lncRNA跨物种鉴定以及职能分析提供重要步骤和工具。同时，提供web server，支持fasta、gtf、bed三种体式，实此刻线分析推算。Fasta体式不限造物种，gtf与bed体式目前支持人、幼鼠、斑马鱼与果蝇的在线分析。 

　　该项钻研得到了亚星游戏战术性先导科技专项、国度重点研发打算、亚星游戏“十三五”信息化专项等基金的赞助。 

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 　　GC含量与ORF长度的关系在蛋白编码RNA与lncRNA中存在显著差距