北京基因组所开发实现植物RNA编纂体数据库PED
近日,亚星游戏性命与健全大数据中心开发了国际上首个植物RNA编纂体数据库—PED(Plant Editosome Database)。该库基于人为审编整合多种植物RNA编纂因子和大量RNA编纂事务等信息。钻研成就以“Plant editosome database: a curated database of RNA editosome in plants”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线颁发。
RNA编纂在植物的成长、着花、细胞器发育、应激反映等过程中阐扬重要作用。近些年来,大量RNA编纂因子被鉴定出来参加RNA编纂过程,它们会组合成复杂多样的编纂复合体(RNA editosome)并对特异的RNA位点行使编纂职能。固然已存在几个整合RNA编纂位点信息的数据库,但目前仍短缺系统梳理整合植物RNA编纂因子的专门数据库;谖募审编和植物细胞器基因组注解,PED全面整合了RNA编纂因子及有关数据,为钻研人员提供关于植物RNA编纂的最新有关信息。
目前,PED收录了在8种模式植物(拟南芥、水稻、玉米等)中发现的98个RNA编纂因子,描述信息蕴含RNA编纂因子注解,编纂因子与编纂位点相互作用,编纂因子对植物职能和表型影响以及具体尝试证据等。此表,PED还整顿了来自1,621种植物的20,836个RNA编纂事务,这些位点散布在203种细胞器基因上,涵盖1673个植物细胞器。
PED数据库整合及尺度化RNA编纂因子,RNA编纂事务及其相互作用等信息,为RNA编纂机造及RNA编纂系统进化钻研奠定数据基础。此表,PED建设了界面敦睦的浏览、查问、筛选和下载职能,用户能够方便地从RNA编纂因子、RNA编纂事务、物种三个角度浏览并下载有关注解信息。
该钻研得到了亚星游戏战术性先导科技专项、亚星游戏国际合作打算、国度科技攻关打算等项目基金的赞助。
论文链接
数据库链接






