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北京基因组所开发实现核幼体定位数据库

  近日 ,中科院北京基因组钻研所性命与健全大数据中心开发了国际上第一个全基因组核幼体定位图谱数据库——NucMap(Nucleosome positioning map)。该数据库在钻研所高机能推算平台和大数据存储平台的支持下 ,基于人为审编整合了大量全基因组核幼体测序数据 ,鉴别多物种分歧前提下的核幼体定位图谱 ,并提供有关的RNA-seq、DNA甲基化、组蛋白建饰、转录因子 ChIP-seq数据信息。钻研成就以“NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线颁发。

  核幼体是真核生物中DNA包装的根基单元 ,由一段萦绕八个组蛋白主题序列缠绕的DNA组成。已有钻研发现核幼体在染色体上并非均匀散布。核幼体地位会影响转录肇始和延长 ,进而通过节造转录因子结合位点的活性来影响基因活性。随着近年来关于核幼体定位钻研的不休增长 ,在分歧物种中产出了大量的全基因组核幼体测序数据 ,然而 ,目前世界领域内仍短缺一个全面有效的核幼体定位图谱资源平台。NucMap数据库的开发实现 ,添补了这一空缺。

  NucMap整合从酵母到人类的15个物种的477个样本中798个全基因组核幼体测序数据 ,蕴含搜索、浏览、分析和下载等重要职能?。数据库提供的样本搜索职能援手用户查找特定的样本并查看样本的Meta信息及有关的其他组学数据信息 ,基因搜索职能则有助于用户查看指定基因有关的核幼体定位信息。NucMap整合JBrowser浏览器 ,援手用户急剧浏览样本的核幼体定位图谱和上传其他有关组学数据进行多组学图谱比力。数据库中的分析?榭赡芏院擞滋宥ㄎ荒J浇腥址治 ,绘造核幼体占据谱。NucMap提供所罕见据的直接下载。

  NucMap是跨物种核幼体定位数据的第一个盛开资源平台。作为大数据中心的重要数据库资源之一 ,NucMap将不休网络和整合已颁布的核幼体定位数据。为深刻相识染色质生物学特点 ,将来NucMap将与MethBank ,Cistrome和ENCODE等其他公共表观基因组学数据库兼容;诙钥缱檠莸淖酆戏治 ,有助于生物学家相识染色质调控的更多信息。

  该钻研得到了国度重点研发项目、国度发改委项目、国度天然科学基金等基金的赞助。

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