亚星游戏

基因组所开发实现DNA甲基化重编程数据库

  DNA甲基化是一个重要的表观遗传象征 ,在胚胎早期发育过程中起到至关重要的作用 ,分歧物种所选取的机造亦各不一样。因而 ,整合多个物种的海量甲基化数据并提供在线的数据浏览、获取及其职能分析 ,可援手更多钻研人员深刻探析分歧物种在早期发育时期的DNA甲基化差距 ,并揭示其DNA甲基化重编程过程与机造。 

  中科院北京基因组所基因组科学与信息重点尝试室章张钻研组、刘江钻研组以及所级中心信息室组成的开发团队 ,在钻研所高机能推算平台和大数据存储平台的有力支持下 ,共同开发实现“基于高通量测序的单碱基精度DNA甲基化重编程数据库MethBank ,该成就于201410月在国际生物信息学领域期刊Nucleic Acids Research在线颁发。 

  MethBank面向多种模式生物配子和早期胚胎多个分歧发育时期的DNA甲基化组重编程数据库 ,整合的数据蕴含甲基化水平、差距甲基化区域、CpG岛甲基化水平等 ,全数是全基因组单碱基精度的DNA甲基化数据 ,且集成了其它蕴含基因表白信息、SNP信息等在内的有关组学数据信息。此表 ,MethBank提供一个支持多组学数据的交互式甲基化浏览器 ,可能高分辨度的实现DNA甲基化图谱以及其它有关数据的可视化。 

  MethBank现今整合集成了斑马鱼和幼鼠各自9个分歧发育时期的全基因组单碱基精度DNA甲基化数据 ,每个时期蕴含全基因组约90%CG位点的甲基化信息 ,且对应的数据库表存有上千万笔纪录 ,数据库存储大幼别离为15G9G。MethBank的开发成立实现了海量甲基化大数据的整合与可视化 ,为后续其它多个物种的大数据整合提供了流程步骤和数据平台。 

  该项钻研得到了亚星游戏、科技部和国度天然科学基金委的赞助。 

亚星游戏·yaxin222(中国官网)_亚星注册登录

  数据库页面 

    论文链接

附件下载:
【网站地图】